微生物 16S/18S/ITS 测序

技术优势

16S rDNA 扩增子测序:16S rDNA 为原核生物中编码核糖体小亚基 rRNA 的 DNA 序列,具有 9 个高变区域(V1-V9)和 10 个保守区域,其中保守区反映细菌种属间亲缘关系,高变区反映了物种间的特异性,选择通用引物进行 PCR 扩增,进而通过新一代测序技术对 16S rDNA 的单个或多个高变区进行测序,来分析环境或者临床样本中古菌或细菌的群落结构多样性。18S rDNA 扩增子测序:18S rDNA 真核生物中编码核糖体小亚基 rRNA 的 DNA 序列,具有可变区(V1-V9,没有 V6 区)和保守区。保守区反映生物物种间的亲缘关系,高变区反映物种间的差异。选择通用引物进行 PCR 扩增,进而通过新一代测序技术对 18S rDNA 的高变区(一般选择 V4 区)进行测序,来分析环境或者临床样本中真核生物群落结构多样性。ITS 扩增子测序:ITS 分为两个区域:ITS1/ITS2,其中 ITS1 位于真核生物核糖体 rDNA 序列 18S 和 5.8S 之间,ITS2 位于真核生物核糖体 rDNA 序列 5.8S 和 28S 之间。通过新一代测序技术对 ITS1 或者 ITS2 进行测序,进一步做环境微生物中真菌多样性分析。

优势

先进的测序平台:使用国际主流的 Illumina 高通量测序平台,提供高质量测序数据。

项目经验丰富:可提供肠道、水体、土壤、组织液等多种样本类型的宏基因组与环境、农林及医疗等多领域的分析服务。

专业全面的服务:经验丰富的技术团队可提供专业的方案设计、检测报告解读、文章写作建议等。

个性化服务:针对 VIP 客户的个性化分析需求,提供专业全面的检测服务。提供专业的实验指导和定制高级分析。

方案策略

样本要求

环境及临床样本(干冰或冰袋运送)

土壤≥ 3 g(污染土壤样本要适当增加送样量);粪便≥ 2 g;

水体样本:滤膜(0.22 μm 滤膜)≥ 2 个;拭子样本≥ 2 个;

DNA/PCR 产物(干冰或冰袋运送)

DNA:浓度≥ 20 ng/μL;总量≥ 400 ng;DNA 要有明显主带,无降解;OD260/280= 1.8-2.0

PCR 产物:浓度≥ 20 ng/μL,总量≥ 400 ng,片段大小 < 450 bp,条带单一,无降解,无引物二聚体

实验流程

数据分析