Shbio ceRNA 芯片

芯片简介

一箭三雕,一张芯片同时检测 lncRNA、circRNA、mRNA。

芯片设计和特点

1、ceRNA 芯片设计了 173011 个探针,其中 mRNA 探针 34549 个,lncRNA 探针 32953 个,circRNA 探针 105509 个。mRNA 来源于 refseq(25830)和 ensembl(8719);lncRNA 分别来源于 Ensembl(28130)、lncipedia(4822)、genecode(1)3 个数据库。circRNA 探针有 105509 条。

2、LncRNA 主要包含 lincRNA,antisense lncRNA,bi-directional lncRNA 三大类,避免了 lncRNA 和 mRNA 的相互干扰,提高了 lncRNA 的检测有效性和准确性。该版本芯片也剔除了上一版本中没有明确注释信息的 lncRNA。

3、CircRNA 依然是该芯片主要的检测对象,与 V2.0 版本相比,circRNA 的探针数目由 88750 增加到了 105509,除了涵盖 2.0 版本的 ciccFRNA 外,还增加了与 miRNA 有多个结合位点的 circRNA,提升了 circRNA 作为 ceRNA 参与疾病调控的机制研究的效率。circRNA 特异性高:circRNA – 特异的反向剪接位点探针设计,保证每个探针检测的特异性,避免与母基因之间的冗余影响。

4、ceRNA 芯片 采用 Agilent eArray 平台设计,使用 Agilent SurePrint 技术合成,探针长 60mer,检出率高,技术重复性高于 99%,稳定性好;能够比高通量测序技术更灵敏、稳定地对表达丰度较低的 circRNA、lncRNA 进行检测分析。

5、ceRNA 芯片 覆盖 circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息,circRNA 和 lncRNA 作为典型的内源竞争性 RNA(ceRNA 机制),此款芯片更适合 ceRNA 调控研究。

技术优势

更适合检测微量样本:特异性检测血清、血浆、外泌体等微量特殊样本中 lncRNA 和 circRNA,避免 rRNA 或外源性序列干扰。

更全面的 circRNA 信息:涵盖截至 2020 年 6 月全球主流数据库中的 circRNA 序列 105509 条,并进行了细致注释。

更适合检测 lncRNA:芯片比测序更适合检测低表达丰度的 lncRNA 分子。

更丰富的芯片实验经验:拥有超过十五年的芯片实验经验,轻松应对各种来源的样本。

更系统的实验服务:筛选出候选 lncRNA 和 circRNA 后,配套丰富的 lncRNA 功能验证实验服务。

仪器平台

Agilent 芯片平台

优势

成熟的服务平台:稳定而系统的芯片实验全面解决方案,可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。

专业的实验人员:从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员,具有丰富的芯片实验操作经验,遵循严格的质控标准,层层把关确保高质量完成实验。

强大的分析团队:实战经验丰富的分析团队,除能快速完成基础分析外,还能根据客户需求完成个性化分析,提供各类高大上的图表。

稳健的支持团队:一对一服务,为您解决项目全过程中的各类问题,包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。

样本要求

分析流程